Het bestuur bestaat uit Marco Verbrugge (voorzitter), Gerard Leeuw (penningmeester) en Lilian Grootswagers (secretaris) en Peter van Helvoort. Stichting Behoud Geertruidskerk is geregisseerd onder RSIN nummer 857779072
De dagelijkse leiding is in handen van Paul Koedijk. Hij wordt ondersteund door het bestuur en verschillende vrijwilligers.
Bestuursleden bekleden allen een onbezoldigde functie. Medewerkers krijgen een salaris toebedeeld. Vrijwilligers ontvangen een bescheiden vergoeding.
De Geertruidskerk wil een markante en herkenbare plaats van inspirerende ontmoetingen zijn en blijven met en tussen mensen. Zij biedt ruimte aan religieuze, culturele, maatschappelijke en commerciële activiteiten, passend bij de identiteit van het historische gebouw.