De naam Crypte stamt uit het Grieks en betekent letterlijk: “ik verberg“. Het heeft direct verband met de bloedige vervolgingen van de eerste Christenen door de Romeinse keizers. De gelovigen verborgen of begroeven hun doden en martelaren in onderaardse gangen. Later, toen de vervolgingen afnamen, werden kerken gebouwd boven het graf van de heilige en zo ontstond de Crypte.
Vrij kort voor 1420 is begonnen met de bouw van de crypte en koor van de kerk. In 1420 werd Geertruidenberg getroffen door de grote stadsbrand die veroorzaakt werd door de belegering van de Dordtenaren. De stad brandde af en de kerk leed grote schade. De krocht werd niet afgebouwd en de oorspronkelijke kruisgewelven van de kerk en het koor werden vervangen door houten tongewelven. De crypte werd volgestort met zand en gebruikt om (belangrijke) mensen in te begraven. Pas in 1895 werd de half afgebouwde crypte bij toeval weer ontdekt. Tijdens werkzaamheden in het koor bleek dat er zand was weggelopen langs de wand van het koor en besloten werd om het koor uit te graven. Er werd een commissie benoemd en de namen van de leden zijn te zien op een gedenksteen in de wand van de crypte. Op 16 september 1895 werd met de uitgraving begonnen en op 4 november was het karwei geklaard. In de crypte werden, benevens zes grote grafkelders, het huidige doopvont en het stenen vrouwenhoofd aangetroffen. Wel bleek dat de crypte slechts gedeeltelijk was afgebouwd, waarschijnlijk ten gevolge van onvoldoende financiële middelen na de grote stadsbrand in 1420 en daaropvolgende St. Elisabethsvloed in 1421. Tijdens de grootscheepse restauraties van de kerk in de jaren 1987 tot 1990 werd de crypte in ere hersteld. Het is de enige gotische crypte, samen met die van Thorn, in Nederland.